Ποικίλες αντιδράσεις προκαλεί το πόρισμα του Συνηγόρου του Πολίτη για τη λειτουργία της Κιβωτού του Κόσμου.
Στο πόρισμα υπάρχουν συγκεκριμένες επιβαρυντικές αναφορές για τα παραρτήματα Κόνιτσας και Πωγωνιανής, που προκύπτουν από τα έγγραφα της Διεύθυνσης Κοινωνικής Μέριμνας της Περιφέρειας Ηπείρου και τις αναφορές των τροφίμων.
Συγκεκριμένα, καταγράφονται «επιβολή σκληρών και ψυχολογικά επιζήμιων τιμωριών», αλλά και διοικητικές ελλείψεις εξειδικευμένου προσωπικού.
Αυτό είχε ως συνέπεια την καταναγκαστική εργασία, που βαφτιζόταν «εκπαιδευτικό πρόγραμμα» και την παρεμπόδιση φοίτησης φιλοξενούμενων παιδιών της Κιβωτού του Κόσμου σε όλες τις βαθμίδες της εκπαίδευσης.
Τέλος, ο Συνήγορος διαπίστωσε ότι σε κάποιες περιπτώσεις υπήρχε περιορισμένη επαφή μεταξύ φιλοξενουμένων και συγγενών τους.