Το τζαμί κτίστηκε στο δεύτερο μισό του 15ου αιώνα από τον Φαΐκ Πασά, πρώτο Οθωμανό κατακτητή της Άρτας.

Κατασκευάστηκε με υλικά τα οποία μεταφέρθηκαν από τον παλαιό βυζαντινό ναό της Παρηγορήτισσας, από την αρχαία Νικόπολη αλλά και από διάφορα αρχαία κτίσματα της Αμβρακίας.

Σύμφωνα με αρχαιολογικά ευρήματα, το τζαμί πιθανόν να είχε χτιστεί πάνω στα ερείπια βυζαντινού ναού αφιερωμένου στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.

Μετά την απελευθέρωση της Άρτας, το τζαμί είχε μετατραπεί σε εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη το Ρώσο.

Το 1938 με βασιλικό διάταγμα το τζαμί ανακηρύχθηκε σε διατηρητέο ιστορικό χώρο.